Papież Jan Paweł II nazwał Degollado "wzorem dla młodych" i był mu niezwykle życzliwy. W 2004 roku założyciel słynnego Legionu Chrystusa został przyjęty przez Ojca Świętego na uroczystej audiencji mimo, że już wtedy toczyło się przeciwko niemu śledztwo kanoniczne w sprawie wykorzystywania seksualnego nieletnich.
Część watykanistów dopatruje się w tym udziału obecnego metropolity krakowskiego, a ówczesnego osobistego sekretarza paieża, kardynała Stanisława Dziwisza. Miało to również przełożyć się na powierzenie legionistom ojca Degollado prestiżowego ośrodka kościelnego Notre Dame w Jerozolimie. Wtajemniczeni watykaniści twierdzą, że wszystkie wcześniejsze śledztwa kościelne przeciwko Degollado były torpedowane przez Angelo Sodano, wysokiego rangą duchownego za pontyfikatu JP II, który był również administratorem Legionów Chrystusa. W tamtym czasie niektórzy w kręgach kościelnych głośno mówili o Legionistach Chrystusa jako o "watykańskiej mafii".
W 2004 roku ówczesny kardynał, a dzisiejszy papież, Joseph Ratzinger posunął nieco śledztwo do przodu. Powody? Raczej trudno nazwać Benedykta XVI pogromcą kościelnych zboczeńców - wielu z nich chroni po dzień dzisiejszy, niestety - jednak sprawa wokół Degollado zrobiła się tak głośna i bulwersująca, że nie sposób było zamieść śmieci pod dywan. Drugim powodem jest fakt, że wraz z pogarszającym się stanem zdrowia JP II słabły wpływy sekretarza Sodano - obrońcy zboczeńca Degollado. Część biskupów jawnie domagała się od Ratzingera rozwiązania zakonu Legionów Chrystusa, ten nie posłuchał, ale ustanowił tam komisarza. Ostatecznie w 2006 roku papież Benedykt XVI zakazał Degollado pracy duszpasterskiej zaś oficjalne stanowisko Watykanu brzmiało w takim tonie: "Ojciec Degollado winien był skandalu najcięższych i niemoralnych zachowań, które potrafił ukrywać dzięki swym autorytarnym rządom, które sprawował w zakonie". Papież nakazał mu spędzenie reszty życia na pokucie i modlitwie.
Degollado zmarł w 2008 roku i od razu jego legioniści chóralnie oświadczyli, że "poszedł do nieba". Historia życia i pracy Degollado to jedna z najczarniejszych kart w dziejach dzisiejszego KK. Pobłażliwość Watykanu wobec Legionisty była jednym z ważniejszych argumentów przeciwników wyniesienia na ołtarze Karola Wojtyły.
Już po śmierci tego "wzorowego sługi bożego" wyszło na jaw, że miał on przynajmniej troje dzieci z dwiema kobietami. Jego syn Raul publicznie oskarżył go o próbę gwałtu w dzieciństwie. Pisarz Alejandro Espinosa w głośnej książce El Ilusionista dowodzi, iż Degollado zajmował się również uwodzeniem bogobojnych zamożnych kobiet a następnie wyłudzał od nich pieniądze. Dowiedziono również że w latach 1940-1970 wykorzystał i zgwałcił 30 małoletnich chłopców - członków Legionów Chrystusa. Wiele faktów nie wychodziło na światło dzienne przez całe dziesięciolecia z uwagi na fakt, iż członkowie zakonu pod naciskami Degollado zobowiązali się do zachowania ścisłej tajemnicy.
Jest niemożliwe aby włodarze Kościoła Rzymskiego w latach wcześniejszych nic nie wiedzieli. Oczywiście nie zrobili niczego. Dopiero kiedy skandal wybuchł ze zdwojoną siłą już u progu życia zboczeńca, Benedykt XVI był zmuszony zająć się sprawą. Rodzi się pytanie. Ilu jeszcze takich "świętych" ma swoich szeregach Kościół? O ilu jeszcze nie wiemy? Głównie dzięki internetowi ujawniony został cały szereg skandali pedofilskich w KK na przestrzeni ostatnich dziesięcioleci, zwłaszcza w USA i Irlandii, ale nie tylko. Mimo że KK już nie jest w stanie niczego ukryć, a nawet nie może już dowodzić, że to jedynie przypadki incydentalne, to w dalszym ciągu nie ma zamiaru wyłożyć otwarcie na stół wszystkich kart z tego mrocznego rozdziału swej historii. Nie chcę się oczyścić bo do tego potrzebne jest uznanie swoich grzechów i pokuta. A KK tego nie lubi bo stawia siebie ponad głowami swych owieczek. To my mamy się spowiadać i prosić Boga o wybaczenie. Władcy KK wolni są - w swoim mniemaniu - od niegodziwości. Więc niech w końcu przestaną lać krokodyle łzy, że wierni odwracają się od Kościoła. No cóż, żyjemy w erze informatycznej, nowoczesnej. To już nie te czasy kiedy wierzący byli ciemną, otępiałą masą a ludzie drżeli przed karzącą reką księdza. "Błogosławieni wszyscy ci, którzy źdźbło w oku bliźniego widzą, ale belki we własnym nie zauważają" - by sparafrazować słowa Jezusa.
Łukasz Grysiak